El origen del actual Colegio Libertador Simón Bolívar, está vinculado al Colegio Francisco de Aguirre, entidad que nace como una institución educacional en 1981. Su génesis está relacionada con la creación de las Universidades Regionales durante la dictadura cívico militar, año en que por la fusión de la Universidad de Chile (que ya tenía integrada la Escuela Normal Isabel Bongard), y la Universidad Técnica del Estado, se crea la Universidad de La Serena.
En ese contexto, y ante la incertidumbre de permanecer en una Universidad conducida por Rectores Delegados, cuatro académicos de la naciente casa de estudios superiores constituyen la Sociedad Educacional Francisco de Aguirre (SEFAL); con el propósito de crear un colegio que se distinguiera por ser un espacio para la formación de personas en un ambiente que privilegiara los principios democráticos y la expresión creativa, en coherencia con las nuevas ideas pedagógicas y proporcionar así una educación de avanzada por parte de las comunidades educativas del Colegio Francisco de Aguirre, en un comienzo, y posteriormente, por la evolución y crecimiento de la demanda, en el Colegio Libertador Simón Bolívar. Los primeros directores fueron los docentes Geraldo Brown González (Francisco de Aguirre) y Juan Antonio Torres Gallardo (Libertador Simón Bolívar), siendo el representante legal el Dr. Cs. Ed. Eduardo Stavelot Muro. Don Bernardo Jopia Álvarez y don Jaime Mazzei Molina figuran en las escrituras de constitución de la SEFAL como socios encargados de asesorar en materias educacionales y responsables de aspectos financieros. En la actualidad, la SEFAL cambió su rumbo para convertirse en una Corporación Educacional con el fin de cooperar con la función educacional del Estado, pasando a ser la Corporación Educacional Francisco de Aguirre (CEFA), que en la actualidad sostiene al Colegio Libertador Simón Bolívar, con sus dos sedes.
En necesario puntualizar que ambos Colegios funcionaron de manera independiente hasta el 2018, año en que con el propósito de asegurar la trayectoria educativa y dar la oportunidad de lograr la continuidad en forma directa de los estudiantes de Cuarto Año Básico del Colegio Francisco de Aguirre al Colegio Libertador Simón Bolívar se concreta la fusión de ambos, según Resolución Exenta N° 2269 del 03 de agosto de 2018 y completamente tramitado el 08 de agosto del mismo año por el señor Luis Tello González, Secretario Regional Ministerial de Educación de la Región de Coquimbo, con copias al Establecimiento (ambos locales), Planificación, Educación, Registro Curricular, Subvenciones Elqui, Provincial Educacional Elqui, Subvenciones Regional, Asesoría Jurídica Regional y Superintendencia de Educación.
En sus orígenes, ambos Colegios se caracterizaron por concretarse como comunidades educativas que aspiraban a que las y los estudiantes alcanzaran aprendizajes significativos, así como el desarrollo de las habilidades inter e intrapersonales. Los logros obtenidos en los ámbitos que se indican, fueron la base para despertar el interés por seguir aprendiendo de forma autónoma y comprometida con la comunidad, en un clima acogedor y de respeto entre todos los integrantes.
La identidad del Colegio, con su propia filosofía, se fue generando y armonizando en forma progresiva, de acuerdo a lo prescrito en los Planes y Programas de Estudios del MINEDUC, en la medida que iban siendo aplicados a los diferentes cursos. La idea esencial del Colegio se mantiene, como se planteó en su principio y está fundada en el compromiso del establecimiento con el SER HUMANO, en una perspectiva de ayuda y contribución al logro del desarrollo pleno. Es por tal razón que la tarea considera dos dimensiones. La primera consiste en obtener el mejor conocimiento del o la estudiante, que considere una apreciación acabada de los rasgos de personalidad y del potencial de producción de ellos o ellas, y una segunda dimensión, que se orienta a compartir el conocimiento con la familia, para generar y estimular al más alto nivel, el interés del o la estudiante por su futuro proyecto de vida. En consecuencia, el Proyecto Educativo Institucional del Colegio Libertador Simón Bolívar, hace suyos los grandes objetivos de la educación: i) Aprender a aprender, ii) Aprender a hacer, iii) Aprender a vivir juntos, y iv) Aprender a ser en un clima de armonía y respeto.